Finanční toky
Finanční toky zobrazují cestu finančních prostředků od Evropské komise až ke konečnému příjemci / konečnému uživateli. Systém finančních toků prostředků z fondů EU je v období 2007-2013 založen na principu předfinancování ze státního rozpočtu.
Řídícímu orgánu příslušného operačního programu jsou ze státního rozpočtu převedeny prostředky na financování schválených projektů. Realizátor projektu podá žádost o proplacení již uskutečněných výdajů, které jsou mu po schválení žádosti z prostředků řídícího orgánu proplaceny. V pravidelných cyklech jsou řídícím orgánem vystavovány souhrnné žádosti o doplnění prostředků ze zdrojů spravovaných Platebním a certifikačním orgánem.
Platební a certifikační orgán pak v pravidelných intervalech žádá Evropskou komisi o doplnění prostředků na svém účtu. Ty následně převádí na účet řídícího orgánu, který projekty již dříve předfinancoval z prostředků státního rozpočtu přidělených příslušné rozpočtové kapitole. Z pohledu realizátora projektu tento systém znamená zrychlený přístup k proplacení podpory z fondů EU a z veřejných prostředků ČR, kdy nemusí čekat na peníze z Evropské unie, ale finanční zátěž spojenou se spolufinancováním projektů na sebe dočasně přebírá státní rozpočet.